Sve više istraživanja ukazuje na vezu između konzumacije margarina i alergija, ekcema, astme, alergijskog začepljenja nosa i ulceroznog kolitisa kod djece .

Osnovni sastojak margarina su jeftina ulja koja se dobivaju iz sjemenki soje – Ipak izuzetno opasne biljke dovode do hormonskih poremećaja i steriliteta, pamuka – industrijske biljke koja je najpodložnija otrovnim pesticidima i insekticidima, šafrana, repice i kukuruza.

Ako je i kukuruz lošijeg kvaliteta, onda su ovi sastojci za margarin više nego opasni po zdravlje čovjeka. Međutim, najveći problem predstavlja to što se ulje iz ovih sjemenki dobiva u procesu koji se zove vruće preživanje pri kojem se stvara veliki broj slobodnih radikala koji su glavni uzročnici nastanka raka.

U samo jednom pakiranju margarina ima i do 60 grama trans-masti, a s obzirom na štetan utjecaj na zdravlje, preporuka Svjetske zdravstvene organizacije je da se unos trans-masti ograniči na jedan od sto ukupnog energetskog unosa ili na oko dva grama dnevno.